Relación estructura-función de la relaxasa del plásmido r388 trwc

• Autores: María Jesús Lucas Gay
• Directores de la Tesis: Fernando de la Cruz (dir. tes.)
• Lectura: En la Universidad de Cantabria ( España ) en 2006
• Idioma: español
• Tribunal Calificador de la Tesis: Manuel Espinosa Padrón (presid.), Matxalen Llosa Blas (secret.), Paulino Gómez Puertas (voc.), Ricardo Arias Gonzalez (voc.), Ramón Campos Olivas (voc.)
• Materias:
  • Química
    • Bioquímica
      • Proteínas
  • Ciencias de la vida
    • Biología molecular
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• Resumen

  • La relaxasa es la proteína responsable de las reacciones de iniciación en el procesamiento conjugativo del DNA. La relaxasa reconoce y corta un enlace fosfodiéster específico situado en el origen de transferencia mediante el ataque nucleofílico de una tirosina. En este trabajo se ha estudiado el recnocimiento del DNA y la bioquímica de la reacción de corte de DNA catalizada por la relaxasa del plásmido R388, TrwC. El fragmento TrwC-N293, que contiene los primeros 293 aminoácidos de la proteína, une oligonucleótidos de la región de corte, nic, que abarcan la repetición invertida IR2 con una afinidad nanomolar. Esta unión implica a una molécula de proteína y de DNA. La estructura tridimensional de este complejo está construida sobre dos capas alfa/beta y posee una grieta donde se sitúa el centro activo.

    Las estructuras disponibles muestran que la unión de TrwC-N293 al DNA está asociada a un plegamiento de la proteína. La afinidad de la unión de TrwC-N293 por la región nic está determinada por sus interacciones con los 22 primeros nucleótidos en dirección 5' al sitio nic. Los contactos con la doble cadena de la repetición invertida son los que muestran una mayor contribución en la afinidad de la unión. La unión de la secuencia próxima al nic en forma de cadena sencilla muestra menor afinidad, pero su reconocimiento es esencial para el posicionamiento correcto del DNA en el centro activo, de tal manera que se pueda realizar el ataque nucleofílico sobre el fosfato de corte. Esta diferente afinidad sugiere que TrwC va a contactar primero la secuencia de IR2 y esta unión va a facilitar el reconocimiento de la secuencia adyacente (las bases entre IR2 y el sitio nic y dos bases 3' del nic). Estas dos regiones de DNA son reconocidas específicamente por TrwC, por lo que ambas interacciones van a ayudar a la relaxasa a discernir entre otras secuencias y su diana, el sitio nic del oriT de R388. Un estudio de los mutante