Siendo la acidificación de los océanos un tema candente en las últimas décadas, muy poco se ha avanzado en lo que acidificación en estuarios se refiere, fundamentalmente en lo relativo al tratamiento de los datos obtenidos para su estudio. Vista esta falta, el objetivo principal de este trabajo es estudiar e implementar formas adecuadas para tratar los datos potenciométricos para determinar de una manera exacta la alcalinidad de las muestras de estuarios con salinidades tan variables como las existentes en estos sistemas. Para ello, se ha establecido un conjunto de constantes de equilibrio apropiado para el sistema del carbonato. A la hora de determinar la alcalinidad, se estudiaron diferentes aproximaciones para el tratamiento de los datos (E, v) de las valoraciones potenciométricas de las cuales las más prometedoras fueron dos basadas en procedimientos de ajuste por mínimos cuadrados no lineales que empleaban dos algoritmos de minimización distintos, el de Levenberg-Marquardt y la regresión de distancia ortogonal. La alcalinidad de todas las muestras fue finalmente determinada usando el segundo ajuste. En este trabajo también se ha desarrollado una ecuación para establecer la dependencia de la constante de acidez del indicador ácido-base rojo de fenol con la fuerza iónica para la determinación espectrofotométrica del pH dado que su menor valor de pka podría ser más útil para la medida de muestras de estuarios con menores pHs. Finalmente, el estudio de la variabilidad de los nutrientes, los parámetros físico-químicos y los parámetros del sistema del CO2 revela mayormente dos cosas: que el estuario de Nerbioi-Ibaizabal no está completamente recuperado de su contaminación histórica y también padece que algún tipo de contaminación continua por el río Galindo y que los tres estuarios son fuente de emisión de CO2 a la atmósfera en vez de sumidero, como ocurre en los océanos.
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