Esta tesis se centra en la aplicación de herramientas moleculares para resolver diferentes cuestiones englobadas en los campos de sistemática, evolución y conservación, utilizando como modelo varias especies dentro de la herpetología. Para ello se ha recurrido a la secueciación de genes mitocondriales y nucleares, el genotipado de microsatélites y los análisis filogenéticos, filogeográficos y demográficos de los correspondientes resultados generados.
La tesis se estructura en cuatro apartados que agrupan los diferentes trabajos desarrollados en cada taxón: 1) Sistemática filogeografía y estado de conservación del galápago europeo (Emys orbicularis) en la península Ibérica; 2) Evolución del viviparismo en poblaciones insulares de Salamandra salamandra y estado de conservación de los anfibios presente en el Parque Nacional de las Islas Atlánticas de Galicia; 3) Filogeografía del coquí común (Eleutherodactylus coqui) y origen de algunas poblaciones introducidas en el archipiélago de Hawai, y 4) Sistemática del género Discoglossus mediante inferencia filogenética mitocondrial y nuclear.
Los resultados obtenidos mediante la comparación de marcadores moleculares (ADNmt vs. ADNn) muestran la invalidez en la diferenciación de dos subespecies de Emys orbicularis endémicas para la península Ibérica (solo una es considerada después de los análisis genéticos) o de la diferenciación de los Discoglossus endémicos ibéricos en dos especies (deben considerarse subespecies). También se han propuesto nuevas unidades de conservación para grupos de poblaciones en algunas de las especies incluidas en esta tesis.
El genotipado de microsatélites en las poblaciones del galápago europeo evidenció la estructura genética y distribución de la diversidad genética en las poblaciones de la península Ibérica, aportando información para: a) establecer un escenario biogeográfico para el linaje ibero-marroquí dentro de la especie, b) apuntar un posible efecto de la disminución de la diversidad genética sobre el porcentaje de anomalías encontrado en las poblaciones ibéricas, y c), establecer una base de datos que permite la asignación de individuos de origen desconocido a su posible región de origen para aquellos individuos de la subespecie endémica en la península Ibérica (E. o. fritzjuergenobsil).
Por otro lado, y basándose en las relaciones filogenéticas y filogeográficas obtenidas entre las poblaciones ovovivíparas y vivíparas de Salamandra salamandra en el norte de la península Ibérica mediante secuenciación de fragmentos de ADN mitocondrial, y en la inviabilidad de colonizaciones naturales a través del mar desde las poblaciones costeras más cercanas, el origen del viviparismo en las poblaciones peninsulares se produjo a través de un proceso microevolutivo en un breve período de tiempo,l desarrollado durante su aislamiento debido al aumento del nivel del mar ocurrido durante el Holoceno (hace 2000 - 9000 años).
En el apartado dedicado al Eleutherodactylus coqui se mostró una profunda estructura genética en su lugar de origen (Puerto Rico) y elevados niveles de diversidad genética fruto de un aislamiento a finales del Plioceno o principios del Pleistoceno en dos refugios situados en cordilleras montañosas, con una posterior expansión poblacional y colonización de la isla como sugieren también los análisis demográficos. Este estudio ha permitido a su vez identificar el origen de poblaciones introducidas accidentalmente en Hawai.
Paralelamente a estos estudios concretos sobre la sistemática, conservación y evolución de las especies incluidas en esta tesis, se plantea y discute a nivel general la selección y el uso adecuado de los diferentes marcadores dependiendo del objetivo considerado, y pudiendo ser aplicados con el mismo enfoque a otros taxones.
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