Resumen de Structural study of the therapeutic potential of protein-ligand interactions
La mayoría de las funciones celulares están dirigidas por pequeñas moléculas que selectivamente se unen a sus proteínas diana. Es tal su importancia que la intervención farmacológica de proteínas mediante pequeñas moléculas es frecuentemente usada para tratar múltiples enfermedades. Por ello, es absolutamente esencial estudiar cómo estas entidades químicas se unen a sus proteínas diana para poder entender y mejorar sus aplicaciones farmacológicas.
A continuación presento a una tesis que utiliza un estudio tridimensional de las interacciones entre pequeñas moléculas y proteínas para mejorar su relevancia terapéutica. El presente estudio está basado en métodos computacionales y datos experimentales que dan lugar a métodos y resultados que pretenden mejorar nuestro conocimiento sobre cómo las pequeñas moléculas interactúan con sus proteína diana.
En el primer capítulo se presenta nAnnolyze, un método que predice interacciones proteína-ligando estructuralmente detalladas y a nivel de proteoma. El método fue aplicado para predecir las dianas terapéuticas humanas para todas las pequeñas moléculas usadas como fármacos aprobados por la FDA. En el segundo capítulo se describe una segunda aplicación de nAnnolyze en Mycobacterium tuberculosis, el cual identificó algunas de las proteínas diana para dos conjuntos de compuestos con actividad contra dicha bacteria. Posteriormente, la tesis describe un modelo computacional que predice mutaciones asociadas a cancer con alta probabilidad de conferir resistencia a una terapia dirigida. Ademas, para aquellas mutaciones identificadas como responsables de producir resistencia, el modelo también sugiere terapias alternativas predichas como no resistentes.
Finalmente, la tesis concluye con una discusión sobre el impacto científico, limitaciones y perspectivas de futuro de cada uno de los modelos presentados en este estudio.
