Esta tesis ha abordado tres cuestiones fundamentales para entender la diversificación y la distribución global de la diversidad de los mamíferos.
En primer lugar, se estudiaron los patrones globales de diversificación de los mamíferos mediante la reconstrucción de los árboles filogenéticos de familias a partir de secuencias de citocromo b y el ajuste posterior de modelos de diversificación de tasa constante y tasa variable por máxima verosimilitud (ML). Además, se investigó el efecto en los análisis de diversificación de diferentes modelos relajados de reloj molecular, los problemas inherentes a la reconstrucción filogenética y los sesgos en el muestreo. Por un lado, se observó que ninguna de las familias incrementó su tasa de diversificación durante los últimos millones de años, en contradicción con el efecto catalizador de la especiación atribuido a los cambios climáticos durante el Pleistoceno. Por otra parte, aunque tras la aplicación de los diferentes tests estadísticos sólo se detectó una disminución significativa de la diversificación en una minoría de las familias, cuando se llevó a cabo un análisis usando un árbol combinado de las familias sí se encontró evidencia significativa de un descenso de la diversificación. De este modo, pese a la distorsión provocada por los artefactos metodológicos, existe una señal subyacente que indica un descenso gradual de la diversificación, lo que sugiere que los factores ecológicos habrían modelado la diversificación reciente de los mamíferos.
En segundo lugar, se implementó y se evaluó una metodología rápida y sencilla para conseguir, a partir de secuencias depositadas en bases de datos públicas, sets de árboles filogenéticos datados para su uso en análisis comparativos. Esta estrategia está basada en la comparación entre grupos de promedios de distancias genéticas (inferidas por ML) a un nodo ancestral, requiriendo un único punto de calibración fiable. La importancia de este enfoque metodológico radica en que permite la elaboración de grandes sets de filogenias actualizados de manera regular para su uso en los análisis comparativos, como el que se llevó a cabo en la última parte de esta tesis. Para evaluar su efectividad se comparó este enfoque con un método Bayesiano usando un modelo de reloj relajado no correlacionado y múltiples calibraciones fósiles. Pese a las importantes diferencias entre ambos métodos, se encontró una correlación altamente significativa entre los tiempos de divergencia estimados, lo que valida la idoneidad del método rápido y sencillo para realizar análisis comparativos. Además, al explorar la variación en tasas evolutivas entre géneros obtenidas con ambos métodos, se encontró que es mucho más limitada que la reportada en recientes estudios.
Por último, se testó la hipótesis de que el gradiente latitudinal de diversidad está causado por diferencias en tasas de diversificación entre los trópicos y las zonas templado-boreales. Con este fin, se calcularon las tasas de diversificación de géneros de mamíferos a partir de sus árboles filogenéticos, usando un método que compensa el muestreo incompleto de especies y asignando la latitud teniendo en cuenta la heterogeneidad en las áreas de distribución de las especies. Los análisis mostraron que las tasas de diversificación promedio obtenidas eran similares en todas las franjas latitudinales. Cuando se realizaron análisis de correlación usando contrastes filogenéticamente independientes, sí que se observó una correlación significativa, aunque muy débil. En consecuencia, se exploró, como alternativa, el efecto de la dispersión mediante la reconstrucción de los estados latitudinales ancestrales de los nodos de las filogenias y su comparación con un patrón nulo. Se observó que la tendencia dispersiva hacia latitudes más bajas es mayor de lo cabría esperar por azar, lo que indica que los cambios de distribución podrían haber contribuido significativamente a la generación del gradiente latitudinal de diversidad en mamíferos.
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