Pseudorotaxanos, catenanos y complejos de inclusión con ciclodextrinas: cálculos de energía libre
- Autores: Miguel Álvaro de Federico de la Rúa
- Directores de la Tesis: Carlos Jaime Cardiel (dir. tes.)
- Lectura: En la Universitat Autònoma de Barcelona ( España ) en 2006
- Idioma: español
- Tribunal Calificador de la Tesis: Joan Francesc Piniella Febrer (presid.), Mariona Sodupe Roure (secret.), Francisco Javier Luque Garriga (voc.), Félix Busqué Sánchez (voc.), Pascal Bonnet (voc.)
- Materias:
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- Resumen
En la presente tesis doctoral se ha llevado a cabo el estudio computacional mediante métodos clásicos (AMBER) de tres tipos de sistemas: un pseudorotaxano, un catenano y una ciclodextrina perfluorometilada.
En el primer caso se han estudiado los pseudorotaxanos formados por a-ciclodextrina y cada una de las siguientes moléculas: ácido 11-aminoundecanoico, ácido 12-aminododecanoico, 1,12-diaminododecano y ácido 1,13-tridecanodioico.
Se han tratado de estimar las constantes de formación del [2]pseudorotaxano y del [3]pseudorotaxano en fase acuosa para todos los sistemas mediante comparación de energías obtenidas de dinámica molecular. También se ha tratado de estimar la constante de formación para el pseudorotaxano formado por el ácido 11-aminoundecanoico y ciclodextrina mediante un cálculo de energía libre PMF.
En el segundo caso se ha estudiado un catenano formado por (2, 6-di-O-metil)-b-ciclodextrina y un macrociclo que presenta dos estaciones aromáticas, (un grupo bitolilo y otro bifenil-4,4'-dicarbonilo). Se ha estudiado la preferencia de la ciclodextrina por situarse en una u otra estación mediante cálculos de perturbación de energía libre y mediante integración termodiámica. Se ha calculado que la ciclodextrina se ubica preferentemente sobre la estación bitolilo con un peso de población del 88% sobre la otra ubicación.
Finalmente se ha estudiado la diferencia de solubilidad en agua y de capacidad complejante de la b-ciclodextrina perfluorometilada sobre la b-ciclodextrina permetilada mediante cálculos de perturbación de enrgía libre. Los reseultados no han sido concluyentes, pero se ha detectado un fallo importante en el programa RESP de ajuste de cargas electrostáticas.
