Regulation of numb alternative splicing by rbm10 and control of cancer cell proliferation
- Autores: Jordi Hernández Ribera
- Directores de la Tesis: Juan Valcárcel Juárez (dir. tes.)
- Lectura: En la Universitat Pompeu Fabra ( España ) en 2016
- Idioma: español
- Tribunal Calificador de la Tesis: Karin Rotem (presid.), Francisco Xavier Real Arribas (secret.), Manuel Irimia Martínez (voc.)
- Materias:
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- Resumen
En eucariotas los RNAs mensajeros prematuros (pre-mRNA) estan compuestos por exones y intrones. Durante el proceso de maduración del RNA los intrones se eliminan y los exones se empalman entre ellos. No todos los exones presentes en un pre-mRNA estarán presentes en el RNA maduro. Algunos de los exones, llamados alternativos, sufren un complejo proceso de regulación (splicing alternativo) que determina si los exones alternativos estarán o no presentes en el RNA maduro.
Para garantizar la producción de las isoformas correctas de cada proteina, el splicing alernativo es un proceso fuertemente regulado. En diferentes contextos patológicos, el splicing alternativo de ciertos genes puede verse alterado. Este es el caso del exon 9 de NUMB, que se encuentra anómalamente incluido en diferentes tipos de cáncer. El gen NUMB codifica para una proteína que inhibe la vía de Notch, controlando de forma indirecta la proliferación celular. La isoforma de NUMB que incluye el exon 9 es pro-proliferativa, mientras que la isoforma sin exon 9 es anti-proliferativa.
El trabajo de investigación de esta tesis se ha centrado en estudiar la regulación del splicing del exon 9 de NUMB. Entender la regulación de este evento de splicing nos ayudará a entender mejor, no solo los mecanismos moleculares que gobiernan el splicing alternativo, sino tambíen la relación entre la alteración de los mismos y el cáncer. Para estudiar la regulación del splicing alternativo del exon 9 de NUMB, se han desarrollado en paralelo dos estrategias:
1-El splicing del exon 9 de NUMB está controlado por el factor de splicing RBM10. La unión de RBM10 al tramo de poli-pirimidinas que precede el exon 9 de NUMB provoca su exclusión del RNA maduro. RBM10 se encuentra mutada en diferentes tipos de cáncer, especialmente en cáncer de pulmón donde el splicing alternativo de NUMB está estadísticamente alterado. Para caracterizar como RBM10 regula el splicing alternativo de NUMB se han utilizado diferentes mutantes de RBM10 (la mayoría identificados en muestras tumorales). El uso de mutantes de RBM10 nos permite investigar que regiones y residuos en RBM10 son importantes para su función en la regulación del splicing alternativo del exon 9 de NUMB.
2-Mediante diferentes ensayos bioquímicos se han caracterizado diferentes regiones en el exon 9 de NUMB que son importantes para regular su splicing alternativo. Nuestros experimentos sugieren que estas regiones son importantes para controlar el patrón de splicing alternativo de NUMB tanto en tejido sano como tumoral.
