Resumen de On the evolution of cancer genomes
El objetivo de este trabajo es identificar un catálogo de genes o marcadores tumorales involucrados en el proceso de carcinogenesis o el desarrollo y expansion tumoral. Nuestro trabajo se enfoca en tres problemas descritos en la literatura asociada a la evolución del cancer: la variación en la heterogeneidad intratumoral en una única población de células cancerosas, cómo esta heterogeneidad nos puede ayudar a identificar genes ”drivers”, y cómo la evolución molecular nos puede revelar funciones esenciales para el cáncer. Resolver estos problemas es fundamental para el desarollo de un tratamiento universal contra el cáncer.
Usando datos de secuenciación masiva, primero hemos cuantificado la heterogeneidad clonal y subclonal en un paciente con leucemia. Luego, hemos analizado mas de 7,500 casos provenientes de distintos tumores para detectar genes "driver" o causantes de la malignidad tumoral. Finalmente, hemos probado la presencia de selección negativa en todos los tumores disponibles. En el primer proyecto, encontramos que la composición clonal del caso de leucemia responde a dos fuerzas selectivas: selección positiva y negativa.
El primer análisis ”Pancancer” nos revela 609 asociaciones entre genes driver y tipos tumorales usando la evidencia de selección positiva. Nuestros resultados destacan la importancia de genes modificadores de la cromatina en multiples tumores. El segundo analisis ”Pancancer” nos revela una fuerte presión selectiva actuando en 639 genes esenciales para el cáncer, incluyendo dos conocidos oncogenes, ABL1 y TERT. Además, hemos investigado el rol que tienen estos genes en la prognosis de los pacientes. En conclusión, hemos expandido el número de genes relacionados con el cáncer por medio de la detección de genes driver usando selección positiva, y genes esenciales para el cáncer usando la selección negativa desenmascarada en evolución tumoral.
