La gestión agrícola intensiva ha generado un gran impacto ambiental, como la pérdida de biodiversidad, el aumento de la erosión y la contaminación de los suelos, así como una mayor emisión de gases de efecto invernadero, la contaminación de las aguas subterráneas y la eutrofización de lagos y ríos. La mejora de la fertilidad del suelo en la agricultura intensiva se basa en el uso de fertilizantes para complementar los niveles edáficos de nutrientes y maximizar el rendimiento de cosecha, en muchas áreas agrícolas, los fertilizantes están siendo usados en exceso, principalmente los nitrogenados y fosfóricos, así como plaguicidas, que causan una significativa contaminación, degradación ambiental y perturbaciones en la diversidad microbiana, que trae como consecuencia la alteración de los procesos de degradación de la materia orgánica y de los ciclos biogeoquímicos.
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