Aplicació de tècniques òmiques per a la millora del diagnòstic en la síndrome de càncer de mama i ovari hereditari
- Autores: Marta Rodríguez-Balada
- Directores de la Tesis: Lourdes Martorell Bonet (dir. tes.), Josep Gumà Padró (dir. tes.)
- Lectura: En la Universitat Rovira i Virgili ( España ) en 2020
- Idioma: español
- Tribunal Calificador de la Tesis: Joan Brunet i Vidal (presid.), Josep Ribalta Vives (secret.), Imma Hernan Sendra (voc.)
- Programa de doctorado: Programa de Doctorado en Biomedicina por la Universidad Rovira i Virgili
- Materias:
- Enlaces
- Tesis en acceso abierto en: TDX
- Resumen
Tot i que el càncer hereditari representa un proporció molt baixa de la totalitat de casos de càncer diagnosticats, aquesta és prou significativa. Aproximadament entre un 5-10% dels tumors són conseqüència d’alteracions genètiques heretades dels progenitors i/o que es poden transmetre a la descendència. Per tant, les persones afectades poden beneficiar-se de l’assessorament genètic que les ajudarà a prendre decisions mèdiques informades basades en l’avaluació del risc individual.
En l’estudi molecular del càncer hereditari, l’objectiu és identificar l’alteració genètica responsable de la predisposició a desenvolupar la malaltia en un individu. Amb aquest objectiu, cal trobar estratègies per a la detecció de les variants genètiques implicades en el seu desenvolupament. De tots els individus amb una clara història personal i/o familiar de càncer hereditari, només s’aconsegueix trobar l’alteració genètica hereditària responsable en el 15% dels casos. A vegades es detecten variants genètiques amb un significat biològic i clínic desconegut. Per aquest motiu aquestes es coneixen com a variants de significat incert (VUS, de l’anglès, Variant of Uncertain Significance). Poder conèixer quin és l’efecte d’aquestes VUS i poder classificar-les segons la seva rellevància clínica és, per tant, molt important. Per aquest motiu s’han creat consorcis internacionals, com el consorci Evidence-based Network for the Interpretation of Germline Mutant Alleles (ENIGMA), que basa els seus projectes i col·laboracions en classificar aquestes variants.
En els estudis moleculars del càncer de mama i ovari hereditari (CMOH), no es disposa de cap tècnica de laboratori senzilla per al cribratge dels pacients candidats a realitzar un estudi genètic. Una estratègia per a obtenir aquesta eina de cribratge és l’ús de la metabolòmica, que permet establir perfils característics en diferents patologies segons la presència de certs metabòlits.
D’altra banda, l’estudi dels gens BRCA1 i BRCA2 no només es limita a la línia germinal. S’ha descrit que quan els tumors són portadors de variants patogèniques en els gens BRCA1 i BRCA2, presenten un dèficit en un sistema de reparació de l’ADN: el sistema de recombinació homòloga. Aquest comportament del tumor es coneix com a fenotip BRCAness. S'ha observat que alguns tumors, tot i no presentar alteracions genètiques amb un efecte deleteri en aquests gens, també són tumors BRCAness.
Per això actualment existeixen línies d’investigació basades en la identificació dels mecanismes que donen lloc a aquest fenotip BRCAness. Hi ha diferents estratègies per a poder aclarir aquest fet, com ara buscar alteracions genètiques en altres gens, o buscar altres mecanismes d’inactivació com poden ser mecanismes epigenètics.
En l’àmbit de l’oncologia clínica, algunes alteracions genètiques, tant en tumor com en línia germinal, poden ser utilitzades com a factors predictius de resposta als diferents tractaments antineoplàstics. En el camp que ens ocupa, la mutació en els gens BRCA1 i BRCA2 es relaciona amb la resposta als tractaments amb inhibidors de PARP (Poly ADP-Ribose Polymerase) en el càncer d’ovari. Per tant, la seva identificació té un valor important en la selecció del tractament en la pràctica mèdica habitual.
Aquesta tesi doctoral pretén avançar en el diagnòstic del CMOH mitjançant quatre estudis. En un primer treball l’objectiu és determinar amb més exactitud la possible patogenicitat d’un conjunt de VUS. Per això s’ha realitzat un estudi cas-control poblacional, amb l’objectiu de conèixer la freqüència d’algunes variants identificades freqüentment en la cohort estudiada, i també mitjançant la combinació d’eines bioinformàtiques amb l’anàlisi de l’ARN missatger, per a detectar alteracions en el procés d’empalmament. En un segon estudi la finalitat és esbrinar si el mecanisme d’hipermetilació del promotor dels gens BRCA1 i BRCA2 és un mecanisme heretable i responsable de la síndrome de CMOH. En un tercer estudi l’objectiu és identificar altres gens que puguin ser els causants del càncer hereditari en famílies no portadores de variants patogèniques ens els gens BRCA1 i BRCA2, mitjançant la tècnica de la seqüenciació massiva. I finalment en un quart estudi es pretén determinar si els pacients amb una mutació en BRCA1 o BRCA2 presenten un perfil metabolòmic en plasma diferent als pacients sense mutació en aquests gens.
Mitjançant l’estudi cas-control s’ha pogut classificar com a variants no patogèniques tres de les variants analitzades (c.4068G>A, c.8851G>A i c.7008-62A>G del gen BRCA2). A més a més, s’ha pogut confirmar una concordança total de la predicció de les eines in silico i de l’efecte de quatre variants en l’alteració que pateixen en el procés d’empalmament. Per altra banda, mitjançant un segon estudi, s’ha descartat la hipermetilació del promotor dels gens BRCA1 i BRCA2 com a procés d’inactivació hereditària d’aquests gens. En tercer lloc, s’ha obtingut una millora en el rendiment diagnòstic mitjançant l’estudi d’un panell de gens relacionat amb les vies de reparació de l’ADN, reduint un 8% els estudis no informatius, principalment per la identificació de variants patogèniques en el gen PALB2. Finalment, en un quart estudi, s’ha identificat un perfil metabolòmic que permet distinguir un fenotip BRCA-like, és a dir, un comportament tumoral de dèficit de la via de reparació de l’ADN on hi intervenen BRCA1 i BRCA2, tot i no presentar mutacions en aquests gens.
