Alteraciones epigenétlcas en spllcing en cáncer humano
- Autores: Laia Piqué Inglada
- Directores de la Tesis: Manel Esteller Badosa (dir. tes.), Veronica Davalos (codir. tes.)
- Lectura: En la Universitat de Barcelona ( España ) en 2019
- Idioma: español
- Tribunal Calificador de la Tesis: Julian Ceron Madrigal (presid.), Joan Gil Santano (secret.), Teresa Puig Miquel (voc.)
- Programa de doctorado: Programa de Doctorado en Biomedicina por la Universidad de Barcelona
- Materias:
- Enlaces
- Tesis en acceso abierto en: TESEO
- Resumen
El splicing es un mecanismo altamente conservado entre los organismos eucariotas que permite obtener múltiples transcritos a partir de un gen lo que genera una amplia diversidad transcriptómica/proteómica, y en consecuencia, un enriquecimiento en la variabilidad funcional. El spllcing es un mecanismo estrictamente regulado a distintos niveles, entre ellos, a nivel epígenético. Las alteraciones en la regulación del splícing pueden contribuir al desarrollo de múltiples enfermedades, entre ellas el cáncer. Con el objetivo de estudiar la contribución de la eplgenétlca, en particular la metllaclón del ADN, en la desregulaclón del spllclng en cáncer, se evaluó la presencia de hlpermetllaclón aberrante en una familia de factores moduladores del spllclng: CUGBP Elav-llke famlly (CELF), formada por seis miembros CELF1-6.
Nuestros estudios, empleando la plataforma Human Methylatlon 450K, que Interroga más de 450.000 CpGs distribuidas en todo el genoma, Identificaron hipermetilación en la variante transcrlpclonal 2 de CELF2 (CELF2-TV2) en varios tipos de cáncer, entre ellos cáncer de mama. La isla CpG asociada al promotor de CELF2-TV2 está hlpermetilada en más de un tercio de tumores primarios de mama, evento cáncer específico, ausente en tejidos normales. Este evento de hlpermetílación conlleva a la reducción o silenciamlento de la expresión génica, que puede ser rescatado con el uso de agentes demetilantes del ADN, como demostraron nuestros estudios en lineas celulares de cáncer de mama.
Para estudiar el papel de CELF2-TV2 en cáncer de mama, se generaron modelos de ganancia de función de CELF2-TV2 en las líneas celulares de cáncer de mama MCF7 y MDA-MB-453, ambas con silenciamiento epigenétlco de CELF2-TV2 asociado a hipermetilación, y se realizaron ensayos funcionales in vitro e In vivo. La recuperación de la expresión de CELF2-TV2 disminuyó la capacidad clonogénica y el crecimiento tumoral en modelos ortotóplcos murinos, demostrando su papel como supresor tumoral.
Con el fin de evaluar el efecto de CELF2-TV2 como modulador del spllclng, se analizó el transcrlptoma de la linea celular MCF7 tras la expresión ectóplca de CELF2-TV2 mediante secuenclación masiva del ARN. Se identificaron 82 eventos de splicing diferencial en 80 genes. Se seleccionaron cinco genes NPTN, FBXL2, ULKl, RHBDF2 y CARD10, que se validaron en dos modelos celulares adicionales, de ganancia de función de CELF2-TV2 en la línea celular de cáncer de mama MDA-MB-453, y de pérdida de función en DU4475. En el caso de NPTN, se demostró además que el spliclng mediado por CELF2-TV2 contribuía a la reducción en la capacidad clonogéníca. Finalmente, el estudio de la asociación del estado de metilacíón de CELF2-TV2 evaluado por plrosecuenclaclón, y las características clínlco-patológlcas en un cohorte de 423 pacientes de cáncer de mama, reveló que la hlpermetllación de CELF2-TV2 es un bíomarcador predictivo de mal pronóstico que se asocia a una menor supervivencia cáncer-específica, confirmando el papel crítico de CELF2-TV2 en la tumorlgénesis de mama.
