Exploring fitness landscapes

• Autores: Margarita V. Meer
• Directores de la Tesis: Fyodor A. Kondrashov (dir. tes.)
• Lectura: En la Universitat Pompeu Fabra ( España ) en 2015
• Idioma: inglés
• Tribunal Calificador de la Tesis: Stephan Ossowski (presid.), Elena Bosch Fusté (secret.), Luca Ferretti (voc.)
• Enlaces
  • Tesis en acceso abierto en: TDX
• Resumen
  • español

    El paisaje adaptativo (fitness landscape) es un concepto que describe la dependencia del fenotipo en el genotipo. Hace más de cien años que este concepto fue propuesto, pero es solo con la reciente expansión de tecnologías que finalmente ha podido ser explorado. Hemos estudiado diferentes aspectos del paisaje adaptativo aplicando tanto procedimientos computacionales como experimentales. Utilizando tRNAs mitocondriales de mamíferos hemos comprobado que la evolución puede proceder no solo a lo largo de las crestas de elevado fitness sino también a través de los valles con reducido fitness. Análisis funcional de mas de 56000 mutantes de la proteína verde fluorescente de Aequorea Victoria (avGFP) nos permitió describir el paisaje adaptativo local alrededor de un punto máximo específico de fitness. Más aún, hemos estudiado un caso de una población en una pendiente - el código genético está atravesando cambios en Methanosarcina quedándose en sub-óptimo.

  • English

    Fitness landscape is a concept, which describes the dependence of phenotype on genotype. It was proposed almost a hundred years ago but only recent burst of technologies finally allowed exploring it. We studied different aspects of fitness landscape applying both: computational and experimental approaches. Using mammalian mitochondrial tRNAs we proved that evolution can proceed not only along the ridges of high fitness but also cross the low fitness valleys. Functional analysis of more than 56 000 mutants of green fluorescent protein from Aequorea victoria (avGFP) allowed us to describe local fitness landscape around a particular fitness peak. In addition to this we studied a case of population being on a slope - genetic code is undergoing changes in Methanosarcina making them stay in sub-optimum.