Genetic associations on major depression: curation and functional analysis
- Autores: Judith Pérez Granado
- Directores de la Tesis: Laura Furlong (dir. tes.), Janet Piñero Gonzalez (codir. tes.)
- Lectura: En la Universitat Pompeu Fabra ( España ) en 2023
- Idioma: inglés
- Tribunal Calificador de la Tesis: Lara Nonell Mazelon (presid.), Olga Valverde Granados (secret.), Alba Gutiérrez Sacristán (voc.)
- Programa de doctorado: Programa de Doctorado en Biomedicina por la Universidad Pompeu Fabra
- Materias:
- Enlaces
- Tesis en acceso abierto en: TDX
- Resumen
- español
La depresión mayor (DM) es la principal causa de incapacidad en todo el mundo. La falta de comprensión de sus fundamentos biológicos dificulta el desarrollo de mejores diagnósticos y tratamientos. Gracias a los avances en estudios de asociación genética, se han identificado múltiples variantes genéticas significativamente asociadas a la DM. En esta tesis, queremos aprovechar estos conocimientos para avanzar en la comprensión de la DM y descubrir sus mecanismos moleculares. Para ello, hemos desarrollado unas directrices de curación pera evaluar el amplio abanico de datos de asociación genética disponibles sobre la DM y hemos creado una base de datos de variantes genéticas asociadas a la DM que ha sido curada por expertos. Una vez finalizada, aprovechamos estos datos y varias herramientas de genómica funcional para entender el papel de estas variantes en la patogénesis de la enfermedad y proponer hipótesis mecanísticas. Delante de la plétora de herramientas disponibles, realizamos un análisis de referencia para evaluar su funcionamiento y comparar sus resultados, donde destacamos la necesidad de directrices para seleccionar y evaluar los métodos. Globalmente, esta tesis contribuye a llenar el vacío que existe por lo que respecta a la evaluación de la calidad de los estudios genéticos sobre la DM, y avanzar en el descubrimiento del papel funcional de las variantes asociadas a la DM mediante el uso de métodos in silico.
- català
La depressió major (DM) és la principal causa d'incapacitat en tot el món. La falta de comprensió dels seus fonaments biològics dificulta el desenvolupament de millors diagnòstics i tractaments. Gràcies als avanços en estudis d'associació genètica, s'han identificat múltiples variants genètiques significativament associades a la DM. En aquesta tesi, volem aprofitar aquests coneixements per avançar en la comprensió de la DM i descobrir els seus mecanismes moleculars. Per a això, hem desenvolupat unes directrius de curació per avaluar l'ampli ventall de dades d'associació genètica disponibles sobre la DM i hem creat una base de dades de variants genètiques associades a la DM que ha estat curada per experts. Un cop finalitzada, vam aprofitar aquestes dades i diverses eines de genòmica funcional per entendre el paper d'aquestes variants en la patogènesi de la malaltia i proposar hipòtesis mecanístiques. Davant de la plètora d'eines disponibles, vam dur a terme una anàlisi de referència per avaluar el seu funcionament i comparar els seus resultats, on destaquem la necessitat de directrius per seleccionar I avaluar els mètodes. Globalment, aquesta tesi contribueix a omplir el buit que existeix pel que fa a l'avaluació de la qualitat dels estudis genètics sobre la DM, I avançar en el descobriment del paper functional de les variants associades a la DM mitjçant l’ús de mètodes in silico.
- English
Major depression (MD) is the leading cause of impairment worldwide. The lack of understanding of its biological underpinnings hampers the development of better diagnostic tools and treatments. Thanks to the advances in genetic association studies, multiple genetic variants significantly associated with MD have been identified. In this thesis, we aim to leverage this knowledge to advance in the understanding of MD and unravel its molecular mechanisms. For that, we developed curation guidelines to evaluate available genetic association data on MD of diverse nature, and created an expert-curated database of genetic variants associated with MD. Then, we leveraged these data and functional genomic tools to unravel the role of these variants in disease pathogenesis and propose mechanistic hypotheses. In light of the plethora of tools available to perform such analyses, we conducted a benchmarking analysis to evaluate their performance and compare their outcomes; highlighting the need for guidelines for method selection and evaluation. Overall, this thesis contributes to filling the gap regarding the quality assessment of genetic studies on MD, and to advance in discovering the functional role of MD-associated variants by using in silico approaches.
- español
