Caracterización del viroma en plasma de donantes de sangre
- Autores: María Concepción Cebriá Mendoza
- Directores de la Tesis: José Manuel Cuevas Torrijos (dir. tes.)
- Lectura: En la Universitat de València ( España ) en 2022
- Idioma: español
- Tribunal Calificador de la Tesis: Antonio Alcamí Pertejo (presid.), Mireia Coscollá Devís (secret.), F. Xavier López Labrador (voc.)
- Programa de doctorado: Programa de Doctorado en Biodiversidad y Biología Evolutiva por la Universitat de València (Estudi General)
- Materias:
- Enlaces
- Tesis en acceso abierto en: TESEO
- Resumen
El desarrollo de la metagenómica ha impulsado el descubrimiento de un número notable de nuevas secuencias virales, lo que ha permitido conocer la composición de las comunidades virales de múltiples ambientes, entre los que se incluye el cuerpo humano. El viroma humano se caracteriza por presentar una enorme heterogeneidad, en cada localización corporal existe un ambiente determinado, lo que se refleja en una composición muy diversa de las comunidades de virus y bacterias presentes. En concreto, el plasma sanguíneo se caracteriza por albergar diferentes virus, incluso en individuos aparentemente sanos, como los donantes de sangre. Para caracterizar los virus presentes en muestras de plasma, en esta Tesis se ha llevado a cabo la puesta a punto de un protocolo de enriquecimiento de la fracción viral, que ha implicado una serie de pasos de concentración, purificación, extracción y secuenciación de los ácidos nucleicos virales, junto con un posterior análisis bioinformático de los datos obtenidos tras la secuenciación. Para ello, se han empleado un total de 757 muestras de plasma procedentes de donantes de sangre del Centro de Transfusiones de la Comunidad Valenciana. La mayoría de las muestras de plasma se ha procesado partiendo de mezclas de distintos donantes, dada que era la única vía que permitía el análisis de cientos de muestras. Tras el procesado de estas muestras y la secuenciación masiva de los ácidos nucleicos obtenidos, se ha llevado a cabo la clasificación taxonómica para identificar los virus presentes. De este modo, se ha observado que la gran mayoría de las lecturas virales obtenidas pertenecen a la familia Anelloviridae, que se han ensamblado en un total de 795 genomas distintos. Los análisis filogenéticos realizados empleando la secuencia codificante de estos genomas han revelado una enorme diversidad, donde se ha obtenido un número considerable de potenciales nuevas especies para los géneros Alphatorquetenovirus, Betatorquetenovirus y Gammatorquetenovirus, aumentando de manera considerable la diversidad descrita hasta la fecha. Además, una pequeña fracción de las muestras de plasma se ha analizado a nivel individual, por lo que este tipo de aproximación ha permitido observar dos aspectos del viroma. En primer lugar, cada individuo presenta su propio aneloma, es decir, un conjunto de anelovirus personal y distintivo. En segundo lugar, algunos de los aislados que componen el aneloma presentan evidencias de sucesos de recombinación en sus genomas, aunque no se puede determinar si estos sucesos han ocurrido en el propio individuo. Por otra parte, el segundo género viral más abundante en las muestras ha sido el género Pegivirus, perteneciente a la familia Flaviviridae. Las lecturas clasificadas dentro de este género se han ensamblado en 18 genomas, que se han empleado para realizar un análisis filogenético a partir de la secuencia nucleotídica correspondiente a la poliproteína. El resultado de este análisis ha permitido determinar el genotipo al que pertenecen los genomas identificados, así como detectar evidencias de recombinación en dos de los genomas detectados en nuestro estudio. Los anelovirus y los pegivirus humanos son considerados virus huérfanos, debido a que no presentan ninguna enfermedad asociada. Por tanto, los estudios del viroma de plasma pueden servir para intentar conocer el papel de estos virus sobre la salud y la enfermedad de los individuos.
