Noncontiguous operon atlas in Staphylococcus aureus

• Autores: Pablo Iturbe Sanz
• Directores de la Tesis: Iñigo Lasa Uzcudun (dir. tes.)
• Lectura: En la Universidad Pública de Navarra ( España ) en 2023
• Idioma: inglés
• Número de páginas: 203
• Títulos paralelos:
  • Atlas de operones no contiguos en Staphylococcus aureus
• Enlaces
  • Tesis en acceso abierto en: Academica-e
• Resumen
  • English

    In previous work from the group, we described the existence of a new transcriptional architecture that we call a noncontiguous operon (NcO). NcOs consist of groups of genes that are transcribed on the same RNA molecule, although genes that are transcribed in the opposite direction separate them. The mRNA of the gene transcribed in the opposite direction is full-length complementary and therefore antisense to the mRNA of the operon. Unlike classical operons, whose presence in the genome is predicted based on theoretical criteria of proximity between genes and biological function of the encoded proteins, the presence of NcOs cannot be determined theoretically and it is necessary to resort to transcriptomic analyses to demonstrate the co-transcription of non-contiguous groups of genes. As a continuation of this line of research, in this thesis we decided to determine the map of NcOs present in the genome of a bacterium. This information would allow us to know the abundance of this transcriptional architecture and thus analyze whether they have common elements or related functions. We decided to use Staphylococcus aureus as a model for four reasons: (I) it is the bacterium in which we first described this transcriptional architecture, (II) we had transcriptomic data obtained from the Illumina platform that could be useful in our study, (III) we have experience in its genetic manipulation and (IV) it has enormous clinical relevance due to its versatility as a pathogen and the existence of multidrug-resistant bacteria.

  • English

    En trabajos anteriores del grupo, describimos la existencia de una nueva arquitectura transcripcional que llamamos operón no contiguo (NcO). Los NcO consisten en grupos de genes que se transcriben en la misma molécula de ARN, aunque los separan genes que se transcriben en dirección opuesta. El ARNm del gen transcrito en la dirección opuesta es complementario en toda su longitud y, por tanto, antisentido con respecto al ARNm del operón. A diferencia de los operones clásicos, cuya presencia en el genoma se predice en base a criterios teóricos de proximidad entre genes y función biológica de las proteínas codificadas, la presencia de NcOs no puede determinarse teóricamente y es necesario recurrir a análisis transcriptómicos para demostrar la cotranscripción. de grupos de genes no contiguos. Como continuación de esta línea de investigación, en esta tesis decidimos determinar el mapa de NcOs presentes en el genoma de una bacteria. Esta información nos permitiría conocer la abundancia de esta arquitectura transcripcional y así analizar si tienen elementos comunes o funciones relacionadas. Decidimos utilizar Staphylococcus aureus como modelo por cuatro razones: (I) es la bacteria en la que describimos por primera vez esta arquitectura transcripcional, (II) teníamos datos transcriptómicos obtenidos de la plataforma Illumina que podrían ser útiles en nuestro estudio, ( III) tenemos experiencia en su manipulación genética y (IV) tiene una enorme relevancia clínica por su versatilidad como patógeno y la existencia de bacterias multirresistentes.