El género Fusarium se caracteriza por una amplia diversidad y número de especies que afectan a cultivos de importancia económica, además de producir micotoxinas que perturban la salud de los animales y el hombre. Con el objetivo de reconocer las especies presentes en aislamientos del género Fusarium como también detectar y cuantificar sus toxinas se caracterizaron 206 aislamientos obtenidos de diferentes hospedantes. La caracterización molecular se realizó haciendo uso de PCR con los cebadores ITS1 – ITS4 y TEF-1α. Las secuencias de los productos de PCR se compararon con el National Center for Biotecnology Information (NCBI) y el programa Fusarium ID y se alinearon usando Clustal W2, se construyeron las relaciones filogenéticas con el programa MEGA 6 con el coeficiente de similitud del vecino más cercano y máxima parsimonia con un bootstrap de 1000 réplicas. La detección molecular de las micotoxinas del grupo de los tricotecenos, zearalenona y fumonisinas se realizó por PCR, la cuantificación de las mismas se realizó mediante la prueba de inmunoimpresión ELISA. Los resultados de secuenciación para los marcadores mostraron coincidencias en el 95% de la población evaluada. El concepto filogenético permitió agrupar las 14 especies. Se encontró presencia de micotoxinas en las especies F. graminearum, F. equiseti, F. verticillioides, F. proliferatum y F. oxysporum. Los valores obtenidos desde medio de cultivo muestran alta cantidad de fumonisinas especialmente en cultivos de maíz.
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