Contribucions al disseny, síntesi i aplicacions de quimioteques combinatòries de peptoides
- Autores: Núria Cortés Barea
- Directores de la Tesis: Antoni Riera Escalé (dir. tes.), Angel Messeguer Peypoch (dir. tes.)
- Lectura: En la Universitat de Barcelona ( España ) en 2006
- Idioma: catalán
- Tribunal Calificador de la Tesis: Javier Mendoza Sans (presid.), Anna Grandas Sagarra (secret.), Jordi Teixidó i Closa (voc.), Enrique Pérez Payá (voc.), Rodolfo Lavilla Grifols (voc.)
- Materias:
- Enlaces
- Tesis en acceso abierto en: TDX
- Resumen
Linterès principal daquesta tesi es centra en la utilització de les tècniques combinatòries per a dissenyar i sintetitzar una quimioteca de peptoides. Els peptoides són un tipus de peptidomimètics amb una estructura general basada en un esquelet de glicinies N-substituídes. Tenen una estructura molt apropiada per a ser sintetitzats en fase sòlida seguint lestratègia combinatòria del rastreig posicional, basada en la utilització de mescles de reactius en les etapes dintroducció de diversitat. Seguint aquesta estratègia sha sintetitzat una quimioteca de mescles controlades de 5120 peptoides (trímers dN-alquilglicina).
Els peptoides tenen un gran interès en làrea biomèdica. Així doncs, el cribratge de la quimioteca de peptoides davant diverses dianes biològiques dinterès terapèutic ha permès la identificació de dos potents neutralitzadors del fenotip dMDR en làrea del càncer, així com de dos potents inhibidors dLPS en làrea del shock sèptic. Aquests compostos han representat un punt de partida per a loptimització de les seves estructures per a dissenyar nous compostos conformacionalment més restringits que augmentin lactivitat i millorin la selectivitat cap a la diana dinterès.
Per altra banda, sha portat a terme loptimització dun procés per a obtenir peptoides amb un extrem carboxílic terminal (peptoides àcids), seguint dues estratègies: per hidròlisi de peptoides en dissolució i per síntesi en fase sòlida. Loptimització del procés dhidròlisi en dissolució sha dut a terme mitjançant un disseny dexperiments factorial, obtenint excellents resultats de pureses i rendiments, mentre que la síntesi de peptoides àcids en fase sòlida ha implicat treballar amb diversos tipus de resines, sent la clorur de 2-clorotritil la que va donar els millors rendiments i pureses.
Linterès dobtenir aquest tipus de derivats àcids radica en el fet de poder acoplar els peptoides a suports sòlids, com columnes dagarosa o sefarosa, així com poder biotinilitzar-los per acoplar-los a columnes dagarosa amb avidina. Amb aquest tipus de columnes amb el peptoide immobilitzat sha utilitzat la tècnica de la cromatografia dafinitat per a identificar les dianes potencials dun peptoide dun extracte proteic que contenia proteïnes de diferent naturalesa.
A partir de lestudi realitzat per a obtenir peptoides àcids, sha dut a terme la realització dun estudi per obtenir peptoides dímers i de peptoides dímers-cíclics, en fase sòlida i en dissolució. Aquests estudis han constituït un punt dinici per al plantejament del disseny i síntesi de noves quimioteques combinatòries de mescles, que es realitzarà en un futur pròxim en el nostre grup dinvestigació. Aquest tipus de molècules poden resultar ser molt interessants en estudis dinteracció proteïna-proteïna.
Dins del context del cribratge de la quimioteca davant diferents dianes biològiques, sha intentat desenvolupar un assaig de fluorescència per a cribrar la quimioteca de peptoides davant la seva capacitat dinhibir la fosforilació dun substrat peptídic fluorescent per la proteïna cinasa A. Malauradament, sha comprovat que el grup fluoròfor escollit, la 7-amino-4-metilcumarina, adjacent al lloc de fosforilació del pèptid, no ha induït pràcticament cap diferència dintensitat de fluorescència després de la reacció de fosforilació per la proteïna.
Globalment, aquest treball reflecteix la validesa de la utilització i aplicació de la química combinatòria, en concret de quimioteques de mescles controlades, per a la recerca de compostos amb activitats biològiques. No obstant, en funció de les dades que es coneguin del receptor i/o dels llocs dinteracció, és convenient dissenyar la quimioteca de forma més focalitzada o de forma més diversa. En aquest disseny, tant si és inicial com si és doptimització dun cap de sèrie, és cada vegada més evident la importància i necessitat de lús deines computacionals i destudis in silico per cobrir el màxim espai de diversitat i estalviar temps i costos dexperimentació al laboratori.
" SUMMARY:
"Contributions to the design, synthesis and applications of combinatorial libraries of peptoids" TEXT:
Peptoids are oligomers of N-substituted glycines residues that have been developed as peptidomimetics but with improved stability and better pharmacological properties. For these reasons, peptoids have also been subjected of application of combinatorial approaches to identify bioactive molecules.
In this context, we have synthesised a combinatorial library of peptoids containing 5120 compounds in 52 controlled mixtures, constructed on solid-phase by using the positional scannig format.
The screening of the peptoid library against different biological targets have identified potent hits. To sum up, two molecules have been rescued from the library with a potent chemosensitiser activity against the MDR phenotype, and two other molecules have been identified with an in vivo neutralizing activity against the Gram-negative lipopolysaccharide (LPS). Optmisation of these hits is in progress to find lead compunds that may become potential drugs.
On the othe hand, we have been interested in expanding the combinatorial chemistry of peptoids to those analogues bearing free carboxylic acid groups, prepared in solution and on solid phase. These compounds are attractive to link to solid-support columns in order to use the affinity cromatography to identify potential targets. As well as this, we have studied the conditions for the efficient linear condensation and cyclocondensation of these acid peptoids.
Finally, we have tried to develop a fluorescent assay for the screening of the peptoid library against the phosphorylation of a fluorescent peptide by the protein Kinase A. However, there has no been detected any difference in the fluorescent intensity with the group 7-amino-4-methylcoumarin, located next to the phosphorilation site."
