Elements transposables de tipus non-LTR als ascidis, amfioxs i àgnats
- Autores: Jon Permanyer Ugartemendia
- Directores de la Tesis: Roser Gonzàlez-Duarte (dir. tes.), Ricard Albalat Rodríguez (dir. tes.)
- Lectura: En la Universitat de Barcelona ( España ) en 2008
- Idioma: catalán
- Tribunal Calificador de la Tesis: Diego de Frutos Rosa (presid.), Jordi García i Orellana (secret.), Pére Martínez (voc.), Mauro Santos (voc.), Héctor Escrivá (voc.)
- Materias:
- Enlaces
- Tesis en acceso abierto en: TDX
- Resumen
Els animals estan agrupats en grans grups o files. Aquestes agrupacions representen organismes que presenten característiques que els hi són pròpies i diferents a les que presenten altres organismes. Aquest treball es centra en lestudi dels cordats; format pels subfiles dels urocordats, els cefalocordats i els vertebrats. Els elements transposables són un conjunt molt heterogeni de seqüències que es caracteritzen per la seva capacitat de moures al llarg dun genoma i per la presència en múltiples còpies per genoma. Aquests elements, a conseqüència de les característiques que els hi són pròpies poden produir efectes deleteris en el genoma que els allotja tot i que si es troben regulats per mecanismes de control de lhoste poden arribar a ser beneficiosos ja que naugmenten el potencial evolutiu. Els estudis daquests elements en els cordats gnatostomats com lhome han evidenciat la seva massiva presència. Ja que aquests elements deuen haver condicionat levolució dels genomes dels gnatostomats, en aquest treball es va voler establir la participació dels elements transposables de tipus non-LTR en els organismes que es troben en la transició dels cordats pre-vertebrats cap als vertebrats. Així, utilitzant aproximacions in vitro i in silico sha determinat el tipus i nombre daquests elements en els genomes de lascidi "Ciona intestinalis", el cefalocordat "Branchiostoma floridae" i làgnat "Myxine glutinosa". Les diferents metodologies ens han permès determinar clarament lestructura de 5 retrotransposons non-LTR en el genoma de lascidi, 6 en el de lamfiox i 1 en el de la mixina. Els baixos números de còpies observats (<200 còpies/genoma haploid) en lascidi i lamfiox mostren com la gran explosió daquests elements es va produir en els vertebrats ja que el vertebrat basal "M. glutinosa" ja presenta valors significativament elevats (~50000 còpies per genoma haploid). A més labsència de metilació del elements de lascidi i lamfiox però no en la mixina suggereix que la utilització daquest marcador epigenètic de lexpressió gènica hauria estat una coopció exclusiva dels vertebrats i no pas de tots els cordats. Per altra banda, evidències indirectes de lactivitat daquests elements suggeririen que aquests elements podrien ser actius en tots els genomes que shan analitzat en aquest treball.
"SUMMARY:
"Non-LTR retrotransposons in ascidians, amphioxi and agnathans" TEXT:
The animal kingdom is divided in huge groups of animals or phyla. These groups represent animals which share some particular traits that make them distinguishable from other animals. This work is based on the study of the chordates, which include the urochordate, cephalochordate and vertebrate subphyla. The transposable elements are an heterogeneous array of sequences characterized by their capacity of self mobilization along the host genome and to be present in multiple copies. These elements, as a consequence of their characteristics, could be deleterious to the host but the presence of control mechanisms by the host or the element itself might allow a beneficial relationship as these elements increase the evolbability of the genome. The studies of transposable elements in gnathostomate vertebrates, as humans, have revealed their massive presence on the host genome. As these elements should have participated in the evolution of gnathostomate subphylum, this work has tried to elucidate the role of non-LTR retrotransposons in the evolution of the organisms that appeared during the transition from the prevertebrate chordates to the vertebrates. Using in vitro and in silico approaches, we have determined the kind and number of these elements in the genome of an ascidian (Ciona intestinalis), the cephalochordate amphioxus (Branchiostoma floridae) and the agnathan hagfish (Myxine glutinosa). These approaches allowed us to clearly determine the structure of 5 non-LTR retrotransposon in the ascidian genome, 6 in amphioxus and 1 in hagfish. The low copy number observed for these elements in the genomes of the ascidian and amphioxus (less than 200 copies per haploid genome) clearly shows that the great increase of these elements occurred in the vertebrates, because the hagfish shows a number of copies similar to those in other fishes (~50000 copies per haploid genome). In addition, the absence of methylation in the non-LTR retrotransposons of the ascidian and amphioxus, but not in hagfish, suggests that the use of this epigenetic marker should be coopted in the vertebrate lineage. Even more, indirect results point to the presence of active elements in the host genome of the three studied subphyla."
