Identificación de motivos estructurales en la región 5' del rna genómico del west nile virus
- Autores: Raquel Díaz González
- Directores de la Tesis: Jordi Gómez Castilla (dir. tes.), Alfredo Berzal Herranz (dir. tes.)
- Lectura: En la Universidad de Granada ( España ) en 2011
- Idioma: español
- Tribunal Calificador de la Tesis: Agustín Vioque Peña (presid.), María José Alejandre Pérez (secret.), Carlos Briones (voc.), Cristina Romero López (voc.), Juan Carlos Saíz Calahorra (voc.)
- Materias:
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- Resumen
El virus West Nile (WNV) es un virus de RNA de cadena sencilla y polaridad positiva que pertenece al género Flavivirus de la familia Flaviviridae. Se ha descrito que la región 5' y 3' del genoma viral contiene varios motivos estructurales tipo tallo-lazo que están implicados en traducción o replicación. El objetivo de este trabajo ha sido profundizar en el conocimiento estructural de la región 5' del RNA genómico del WNV. Se ha utilizado para dicho estudio un fragmento de RNA que contiene los primeros 702 nucleótidos del genoma del WNV y, como herramienta de trabajo, diferentes ribonucleasas específicas de estructura del RNA. Esto nos ha permitido identificar y caracterizar dos motivos estructurales situados en la región que codifica para la proteína prM.
Uno de los motivos estructurales identificados es reconocido y procesado específicamente in vitro por las ribonucleasas RNasa III de E. coli y RNasa III humana Dicer. Estas ribonucleasas son específicas de RNA de doble cadena de más de 20 pares de bases. El estudio detallado de la estructura secundaria mostró un motivo que consiste en un tallo-lazo largo interrumpido por un lazo interno. Este motivo estructural se localiza entre las posiciones 458 y 517.
El segundo motivo identificado es reconocido y procesado específicamente in vitro por las ribonucleasas específicas de estructura parecida al tRNA, subunidad RNA de la RNasa P de la cianobacteria Synechocystis sp. y RNasa P humana. Este motivo estructural, situado entre las posiciones 520 y 663, está formado por tres tallos-lazo interrumpidos por lazos internos.
Análisis de covariación realizados con varios representantes de diferentes linajes del WNV corroboraron esta estructura ya que no se encontraron sustituciones nucleotídicas que afectasen gravemente ni la estructura ni la estabilidad de dichos motivos. Y ensayos de hibridación a microarrays de DNA han localizado estos motivos estructurales en una zona bastante accesible dentro de la región estudiada.
Otros trabajos han mostrado que algunos miembros de la familia Flaviviridae, como el virus de la hepatitis C y pestivirus animales como el virus de la peste porcina clásica y virus de la diarrea viral bovina, también son reconocidos y procesados in vitro por las ribonucleasas III y P en diferentes motivos estructurales de la región 5' de su genoma. A pesar de no poseer homología de secuencia y presentar diferencias en cuanto a su organización genómica con respecto al WNV, los cortes para cada una de estas ribonucleasas se localizan en posiciones coincidentes desde el primer nucleótido de la secuencia en todos estos virus, indicando la posible existencia de un "código" de estructuras en el RNA genómico.
