El parásito M. Refringens prolifera a través de los epitelios digestivos del mejillón lo que afecta a la funcionalidad del sistema digestivo, principalmente cuando la infección se ha extendido por los divertículos digestivos. La eficiencia de absorción de nutrientes a partir de la materia particulada ingerida por el mejillón resulta disminuida así como la tasa de ingestión de alimento. La limitación de la capacidad de adquisición de recursos energéticos tiene como consecuencias la inhibición del desarrollo gonadal y del tejido de reserva y la pérdida de condición del mejillón. La prevalencia de la Marteiliasis en los mejillones cultivados en Galicia está influenciada significativamente por el lugar de cultivo, mientras que el efecto del origen geográfico de la semilla de mejillón no es significativo. Se constató la existencia de asociación entre prevalencia de la marteiliasis y el porcentaje de mortalidad en los cultivos de mejillón.
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