Estudio mecanocuántico, docking y dinámica molecular de tioazúcares como inhibidores de la proteína fucosidasa: algoritmos para el análisis conformacional y programa para el cálculo de constantes de acoplamiento vecinales (cal3jhh)
- Autores: Alonso Aguirre Valderrama
- Directores de la Tesis: José Antonio Dobado Jiménez (dir. tes.)
- Lectura: En la Universidad de Granada ( España ) en 2009
- Idioma: español
- Tribunal Calificador de la Tesis: Juan Antonio López Sastre (presid.), Joaquín Isac García (secret.), Francisco Muñoz Izquierdo (voc.), Ibon Alkorta Osoro (voc.), Alfonso Hernández Laguna (voc.)
- Materias:
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- Tesis en acceso abierto en: DIGIBUG
- Resumen
En esta tesis se hace un estudio computacional (incluyendo cálculos ab initio y DFT) de varios tioazúcares representativos, con un átomo de azufre en el anillo de piranosa, y se analiza, mediante estudios de docking y dinámica molecular, su poder inhibitorio frente a la enzima alfa-L-fucosidasa.
Se ha diseñado una metodología propia para el análisis conformacional sistemático del anillo de seis átomos, habiéndose implementado nuevos algoritmos para la caracterización de las formas no ideales de dicho anillo y para la generación de las diferentes formas canónicas del mismo.
Además, se ha desarrollado, en JAVA, un programa de libre acceso, denominado CAL3JHH (http://www.ugr.es/local/gmdm/java/3jhh/cal3jhh), que automatiza el proceso de reconocimiento y el cálculo de las constantes de acoplamiento de hidrógenos vecinales 3JH,H, incluyendo el promedio según las poblaciones de Boltzmann.
