Modulation of the RNAi pathway by chemically modified siRNA molecules

• Autores: Adele Alagia
• Directores de la Tesis: Ramón Eritja Casadellà (dir. tes.), Ana María Grandas Sagarra (dir. tes.), Montserrat Terrazas Martínez (dir. tes.)
• Lectura: En la Universitat de Barcelona ( España ) en 2015
• Idioma: inglés
• Tribunal Calificador de la Tesis: Carlos Ciudad Gómez (presid.), Alfredo Berzal Herranz (secret.), Stefania Mazzini (voc.)
• Materias:
  • Química
    • Bioquímica
      • Ácidos nucleicos
    • Química macromolecular
      • Macromoléculas
      • Química de monomeros
    • Química orgánica
      • Estructura de moléculas orgánicas
• Enlaces
  • Tesis en acceso abierto en:  TDX  Dipòsit Digital de la UB 
• Resumen

  • Para dirigir el silenciamiento génico post-transcripcional, la maquinaria de RNAi explota la formación de pares de bases entre la hebra guía cargado y el ARNm complementario. La proteína Ago2 (Argonauta 2) es la "máquina de cortar" del complejo RISC y dirige la rotura endonucleolítica sólo cuando la hebra guía del siRNA está completamente apareada con su homóloga de ARN. Ago2 es capaz de incorporar una molécula de dúplex de siRNA, desenrolla la doble hélice y mantiene una hebra mientras se descarta la otra cadena. Ago2 cargada con la hebra guía se define "activa" y puede guiar múltiples reacciones de escisión contra los ARNm complementarios. El análisis estructural del proceso de ensamblaje de Ago2 ha llevado a la conclusión de que las primeras interacciones entre el siRNA y la proteina Ago2 se basa en el reconocimiento específico por el dominio PAZ. Por lo tanto, el correcto reconocimiento de dominio PAZ contribuye a la incorporación específica y productiva de los siRNAs en el Ago2. La hebra guía con su extremo 3' protuberante que tiene 2-nt está implicada en la mayoría de los contactos entre la cavidad presente en el dominio PAZ. En principio, las modificaciones en los extremos protuberantes se introdujeron para proteger la integridad del dúplex de ARN. Sólo después de la comprensión de la arquitectura de Ago2, se pensó en la utilización de las modificaciones en los extremos protuberantes para mejorar la potencia y especificidad de los siRNAs. Para explorar las características estructurales críticas para la interacción entre la cavidad PAZ, modificamos los extremos protuberantes de los siRNA con varias modificaciones. Específicamente, 2 unidades de un beta-L-nucleósido como la L-timidina (imagen especular de la timidina), de 2'-desoxiribitol, de GNA (glycerol nucleic acids)- timina y del derivado acíclico L-treoninol se introdujeron a los extremos protuberantes y se midió la potencia de silenciamiento (IC50). Tales modificaciones pueden proporcionar pistas fundamentales sobre el requisito estructural necesario para el reconocimiento y carga de la cadena del dominio PAZ de Ago2.