Estudi Immunogenètic de les Quimiocines CCL4 i CCL4L: Exemple i Model de la Complexitat de la Superfamília de les Quimiocines

• Autores: Roger Colobran Oriol
• Directores de la Tesis: Manel Juan Otero (dir. tes.)
• Lectura: En la Universitat Autònoma de Barcelona ( España ) en 2008
• Idioma: catalán
• Tribunal Calificador de la Tesis: Dolores Jaraquemada Pérez de Guzmán (presid.), Óscar de la Calle Martín (secret.), Xavier Estivill Palleja (voc.), Montse Plana (voc.), Jordi Yagüe Ribes (voc.)
• Materias:
  • Ciencias de la vida
• Enlaces
  • Tesis en acceso abierto en: DDD
• Resumen

  • Els resultats d'aquesta tesi doctoral, presentada per compendi de publicacions, es divideixen en 2 grups:A) Basats en la variabilitat de CCL4 i CCL4L:Article: Multiple Products Derived from Two CCL4 Loci: High Incidence of a New Polymorphism in HIV+ Patients. Roger Colobran, Patricia Adreani, Yaqoub Ashhab, Anuska Llano, José A. Esté, Orlando Dominguez, Ricardo Pujol-Borrell, and Manel Juan. The Journal of Immunology, 2005, 174: 5655-5664. Els locus CCL4 i CCL4L originen les quimiocines CCL4 i CCL4L, que estan altament relacionades. En aquest treball es demostra que ambdós gens produeixen trànscrits originats per splicing alternatiu mancats de l'exó 2 (anomenats CCL4Δ2 i CCL4LΔ2). Per altra banda, el locus CCL4L presenta un polimorfisme de nucleòtid únic (rs4796195) situat a la seqüència acceptora de tall-i-unió (splicing) de l'intró 2, donant lloc a dues variants al·lèliques: CCL4L1 (la originalment descrita) i CCL4L2, on aquesta seqüència acceptora de tall desapareix i l'ús de noves seqüències de tall acceptores al voltant de la original, dóna lloc a la generació de múltiples trànscrits diferents als generats per CCL4L1. En un estudi cas-control es demostra que la variant CCL4L2 està significativament augmentada en els pacients HIV+ respecte una població control. Això demostra que CCL4L2 és un factor de susceptibilitat per a la infecció per HIV.Article: Confusión entre CCL4 y CCL4L1: Un ejemplo a tener en cuenta cuando se usan reactivos de terceras partes. R. Colobran, M. Juan. Inmunología, Vol. 26 / Núm 1/ Enero-Marzo 2007: 51-54. En aquest treball es descriuen errors en la seqüència aminoacídica de les proteïnes CCL4 i CCL4L1 comercialitzades per algunes empreses.Article: Population Structure in Copy Number Variation (CNV) and SNPs in the CCL4L Chemokine Gene. Roger Colobran, David Comas, Rosa Faner, Edurne Pedrosa, Roger Anglada, Ricardo Pujol-Borrell, Jaume Bertranpetit, Manel Juan. Genes and Immunity, Submitted. En aquest treball s'integra l'anàlisis de variacions de nombre de còpia (CNV) i SNPs (rs4796195 and rs3744595) en el gen CCL4L. S'ha quantificat el nombre de còpies del gen CCL4L i s'han genotipat els dos SNPs en el panell HGDP-CEPH, que conté 1064 individus de 52 poblacions mundials. Per primera vegada presentem dades de poblacions mundials que combinen els dos tipus de variació genòmica (CNVs i SNPs) i els nostres resultats mostren una clara estructura poblacional: les poblacions de l'Àfrica Subsahariana són les que tenen un nombre més elevat de còpies de CCL4L (mitja = 4,32) i les poblacions Europees són les que en tenen menys (mitja = 1,89).B) Basats en la variabilitat global de la superfamília de les quimiocines:Article: The chemokine network. I. How the genomic organization of chemokines contains clues for deciphering their functional complexity. R. Colobran, R. Pujol-Borrell, Ma P. Armengol and M. Juan. Clinical and Experimental Immunology, 2007, 148: 208-217. En aquesta primera revisió analitzem les dades actuals sobre la família de les quimiocines, bàsicament sobre la seva organització genòmica. S'interpreta aquesta organització genòmica en relació a les principals funcions adquirides pels seus membres individuals o pels clusters de gens que es formen.Article: The chemokine network. II. On how polymorphisms and alternative splicing increase the number of molecular species and configure intricate patterns of diseasesusceptibility. R. Colobran, R. Pujol-Borrell, Ma P. Armengol and M. Juan. Clinical and Experimental Immunology, 2007, 150: 1-12. En aquesta segona revisió sobre quimiocines, ens centrem en els polimorfismes i els fenòmens d'splicing alternatiu i les seves conseqüències en malaltia.