Caracterització i millora de models estructurals de baixa resolució

• Autores: David Piedra García
• Directores de la Tesis: Xavier de la Cruz Montserrat (dir. tes.)
• Lectura: En la Universitat de Barcelona ( España ) en 2009
• Idioma: catalán
• Tribunal Calificador de la Tesis: Ignacio Fita Rodríguez (presid.), Josep Lluis Gelpi Buchaca (secret.), Susana Kalko Witruk (voc.), Xavier Barril Alonso (voc.), Alex Sánchez Pla (voc.)
• Materias:
  • Química
    • Bioquímica
  • Ciencias de la vida
    • Biología molecular
• Enlaces
  • Tesis en acceso abierto en:  TDX  Dipòsit Digital de la UB 
• Resumen

  • La present tesi doctoral ha estat desenvolupada a la Unitat de Modelatge Molecular i Bioinformàtica del Parc Científic de Barcelona. Està ubicada en el context de la predicció i qualitat estructurals, i essencialment es divideix en dos blocs: i) Identificació de zones de bona qualitat en prediccions de novo i posterior ús d´aquestes per a la millora de la qualitat, i ii) estudi de parts funcionals de les proteïnes i efecte sobre aquestes de les mutacions puntuals i el modelat per homologia.Més concretament, el primer bloc es pot dividir en tres parts, que confeccionarien el que es pot considerar com un protocol de refinat de prediccions de novo:1. Identificació de la família estructural d´un conjunt de prediccions de novo emprant xarxes neuronals i mètodes de comparació estructural (Capítol 3).2. Comparació de les prediccions de novo amb proteïnes homòlogues, i posterior extracció de les parts de millor qualitat (Capítol 4).3. Ús d´aquestes parts de millor qualitat per refinar les prediccions inicials, emprant mètodes de modelat per homologia estàndards (Capítol 5).Pel que fa al segon bloc, tal i com s´ha comentat, es centra en l´anàlisi d´elements funcionals de les proteïnes; més concretament es centra en l´estudi de les cavitats, ja que solen estar vinculades a centres actius, centres d´unió a altres proteïnes, centres de regulació, etc. S´han abordat dos punts:1. Alteració de les cavitats del lisozim a nivell geomètric i composicional per efecte de mutacions puntuals (Capítol 6).2. Conservació del patró de cavitats en els models per homologia, a mesura que la qualitat d´aquests disminueix (Capítol 7).