En el contexto del Plan de Eliminación de Sarampión se desarrollaron dos técnicas de RT-PCR, una múltiple para virus del sarampión (MeV), la rubéola (RUBV) y parvovirus B19 (B19V) con fines diagnósticos, y otra de genotipificado de MeV mediante secuenciación. La sensibilidad, especificidad y rendimiento diagnóstico de la RT-PCR múltiple se evaluó satisfactoriamente con muestras clínicas, demostrándose que la detección de ARN de MeV por PCR en muestras de orina y exudado faríngeo es complementaria e incluso más sensible que la detección de IgM específica cuando las muestras se recogen en los tres primeros días desde la aparición del exantema. Asimismo, se estudió el rendimiento de muestras de fácil extracción y transporte. Los genotipos de MeV detectados entre 2001 y 2008 presentan una gran variedad, sin predominio de ninguno de ellos. Esto sugiere que actualmente no hay circulación autóctona. El estudio del genotipo ha permitido corroborar los datos epidemiológicos sobre el origen geográfico de la importación, o establecer una hipótesis. Dichos orígenes están en concordancia con nuestros lazos geográficos y culturales, destacando como principal origen de importación a Europa, seguida de África y de Asia. Finalmente, en una población pediátrica con altos niveles de cobertura vacunal frente a sarampión y rubéola; el herpesvirus humano 6, los enterovirus y el herpesvirus humano 4, han demostrado ser los principales agentes productores de cuadros exantemáticos.
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