Short communication. Response of bacterial community composition to long-term applications of different composts in agricultural soils

• Autores: Margarita Ros Muñoz, Alberto Knapp, U. Peintner, Heribert Insam
• Localización: Spanish journal of agricultural research, ISSN-e 2171-9292, ISSN 1695-971X, Vol. 9, Nº. 1, 2011, págs. 338-343
• Idioma: inglés
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• Resumen
  • español

    Se estudiaron las comunidades bacterianas de suelos agrícolas enmendados durante 12 años con diferentes tipos de compost, mediante el empleo de técnicas de cultivo en placa y técnicas moleculares (PCR-DGGE y genotecas de ARNr 16S). El cultivo en placa mostró un aumento del número de bacterias en los suelos enmendado con diferentes composts (6,41-5,66 log10 cfu g�1 suelo), respecto a los suelos no enmendados o con fertilización mineral (5,54-3,74 log10 cfu g�1 suelo). Esta técnica reveló que las Actinobacterias componen la mayoría de las bacterias identificadas en placa, encontrando un mayor número en los suelos enmendados con diferentes compost (100%-64%) frente a los no enmendados o con fertilización mineral (50%-40%). Las genotecas permitieron identificar además de Actinobacterias (13%), la presencia de Proteobacterias (43%) y Acidobacterias (21%). En los suelos enmendados con compost predominaron Proteobacterias y Actinobacterias, mientras que en los suelos sin enmendar y con fertilización mineral predominaron las Acidobacterias. Las genotecas mostraron mayor diversidad bacteriana que el método de cultivo en placa. En conclusión, los datos obtenidos mediante cultivo en placa y con genotecas mostraron diferencias en la composición de la comunidad microbiana entre suelos enmendados con compost y aquellos sin enmendar y con fertilización mineral.

  • English

    Differences in the bacterial community composition of agricultural soils caused by a long-term (12 year) application of different composts were identified by cultivation-dependent and -independent methods (PCR-DGGE and 16S rRNA clone libraries). The number of colony forming units indicated that the successive incorporation of organic amendments increased the bacterial abundance (6.41-5.66 log10 cfu g�1 dry soil) compared to control and mineral soils (5.54-3.74 log10 cfu g�1 dry soil). Isolated bacteria were dominated by Actinobacteria, whereby compost-amended soils and green compost-amended soils showed, respectively, higher number of members of Actinobacteria (100% and 64%) than control and mineral soils (50% and 40%). The 16S rRNA clone libraries were dominated by Proteobacteria (43%), Acidobacteria (21%) and Actinobacteria (13%). Proteobacteria and Actinobacteria were most abundant in compost amended soils while Acidobacteria were more frequently found in mineral fertilizer and control soils. Partial 16S rRNA gene clone libraries revealed a higher bacterial diversity than cultivation. In conclusion, we found differences of bacterial community composition with a cultivation approach and clone libraries between compost amended soils and control and mineral soil.