La comprensión de la relación estructura-propiedades es fundamental en el estudio de química en las ciencias agropecuarias. En ese sentido y a partir de las dificultades observadas en los alumnos para la aplicación de ese núcleo conceptual, se identificó la noción básica efectos electrónicos en las moléculas y se planteó la investigación de su construcción conceptual. Se utilizaron en este estudio dos instrumentos metodológicos: cuestionario y entrevista semiestructurada con modalidad clínica. Se detectaron ciertos obstáculos epistemológicos en la argumentación de los alumnos. Éstos fueron: la tendencia a la generalización, el empirismo inmediato y los modelos simplistas, que actuarían bloqueando el tensamiento profundo. Concluímos que el aprendizaje de la noción efectos electrónicos en las moléculas requiere del despliegue de toda su complejidad epistemológica.
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