Resumen de Medicina de precisión en oncohematología: integración de las técnicas citogenómicas, moleculares y secuenciación de próxima generación en el diagnóstico clínico. Reporte de caso en el laboratorio LIME

Enderson Murillo Ramos, Carlos Humberto Afanador, Juan Feliple García Correa, Claudia Marcela Cristancho Salgado, Gloria Cecilia Ramírez-Gaviria, Carlos Mario Muñetón Peña, Gloria P. Garcia Ospina, Gonzalo de Jesús Vásquez Palacio, Katherine Andrea Palacio Rúa

• español

  Introducción: el diagnóstico de neoplasias hematológicas se realiza tradicionalmente mediante técnicas de biología molecular, citometría y técnicas citogenómicas. La integración de la secuenciación de nueva generación (NGS) es fundamental para complementar el diagnóstico, estimar pronóstico, definir conducta médica e identificar nuevos biomarcadores.Objetivo: demostrar la importancia de la integración de pruebas de NGS, citogenómicas y moleculares en el diagnóstico y pronostico de neoplasias hematológicas.Metodología: se realizaron estudios citogenómicas, PCR, secuenciación Sanger y NGS con el panel TruSight RNA Pan-cáncer a dos pacientes atendidos en LIME.Resultados: caso 1. Paciente de 83 años con sospecha de LMA secundaria a tratamiento. Los resultados de las pruebas moleculares para los genes MLP, JACK2E12, CALR, TP53 y BCR/ABL-P190 fueron negativos, cariotipocomplejo (Monosomía 7 y trisomía 21) y análisis por NGS con detección de tres variantes patogénicas/probablemente patogénicas (IDH2, PTPN11 y RUNX1) asociadas con pronóstico adverso.Caso 2. Paciente de 80 años con sospecha de LMMC. Los resultados de las pruebas moleculares fueron negativos, cariotipo normal y análisis por NGS con detección de dos variantes patogénicas/probablemente patogénicas(RUNX1 y CSF3R) asociadas con pronóstico adverso. Se encontró nueva mutación en el gen CEBPA(NM_004364.5):c.1070_1071insTGCCGG.Conclusiones: mediante la implementación de la secuenciación NGS, se logró la detección de variantes patológicas que no fueron detectadas por métodos clásicos de biología molecular y citogenómica. Además, se pudo estimar pronóstico e identificar una nueva variante en CEBPA. Estos resultados, resaltan la necesidad de integrar las pruebas de NGS en los casos donde las metodologías clásicas sean insuficientes.

• English

  Introduction: The diagnosis of hematologic neoplasms is traditionally carried out using molecular biology, flow cytometry, and cytogenomic techniques. The integration of next-generation sequencing (NGS) is crucial to complement diagnosis, estimate prognosis, define medical management, and identify new biomarkers.

  Objective: To demonstrate the importance of integrating NGS, cytogenomic, and molecular tests in the diagnosis and prognosis of hematologic neoplasms.

  Methodology: Cytogenomic studies, PCR, Sanger sequencing, and NGS using the TruSight RNA Pan-Cancer panel were conducted on two patients seen at LIME.

  Results: Case 1: An 83-year-old patient suspected of secondary acute myeloid leukemia (AML) due to treatment. Molecular test results for the genes MLP, JAK2E12, CALR, TP53, and BCR/ABL-P190 were negative. Cytogenetics showed a complex karyotype (monosomy 7 and trisomy 21). NGS analysis detected three pathogenic/probably pathogenic variants (IDH2, PTPN11, and RUNX1) associated with an adverse prognosis.

  Case 2: An 80-year-old patient suspected of chronic myelomonocytic leukemia (CMML). Molecular test results were negative. Cytogenetics showed a normal karyotype. NGS analysis identified two pathogenic/probably pathogenic variants (RUNX1 and CSF3R) associated with an adverse prognosis. A novel mutation was found in the CEBPA gene (NM_004364.5): c.1070_1071insTGCCGG.

  Conclusions: Through the implementation of NGS, pathogenic variants were detected that were not identified by classical molecular and cytogenomic methods. Additionally, prognosis was estimated, and a new variant in CEBPA was identified. These results underscore the need to integrate NGS tests in cases where classical methodologies are insufficient.