Resumen de Genómica, evolución y redes de regulación del plásmido r388
Los plásmidos conjugativos son uno de los elementos fundamentales en la transferencia genética horizontal entre bacterias gram-negativas. Gracias a este proceso, genes que confiere ventajas adaptativas pueden distribuirse rápidamente entre las poblaciones bacterianas, tal es el caso de la resistencia a antibióticos. R388 es el plásmido conjugativo natural más pequeño caracterizado hasta la fecha y constituye un modelo experimental de referencia en el estudio de la conjugación bacteriana. El objetivo del presente proyecto es estudiar a tres niveles la arquitectura genómica de este plásmido:
1,- Genómica, estudiando su organización genética y los elementos conservados entre plásmidos de su misma familia y de otras familias estudiadas.
2,- Evolución. Determinando cuáles son las características fundamentales de la evolución en genomas plasmídicos.
3,- Regulación. Estudiar la presencia de redes de regulación propia y su interacción con el genóma hospedador.
La hipótesis de partida de este proyecto es que los plásmidos conjugativos constituyen genomas organizados, que poseen una arquitectura, una evolución y unas redes de regulación que le son características, y que, aunque fuertemente dependientes del genóma hospedador, tienen una gran autonomía.
La metodología a emplear para bordar el presente proyecto se engloba en dos tipos de técnicas distintas:
1,- Técnicas de biología molecular: secuenciación del genoma, clonación de promotores y de proteínas reguladoras. Determinación del as unidades transcripcinales del plásmido. Obtención de perfiles de expresión mediante fusiones con GFP y el sistema LUX. Determinación de niveles de actividad de promotores mediante PCR cuantitativa. Determinación del efecto de genes reguladores.
2,- Técnicas bioinformáticas: anotación y análisis de la secuencia. Elaboración de árboles filogenéticos. Análisis de los módulos básicos de regulación den el
