Resumen de Caracterització i millora de models estructurals de baixa resolució
David Piedra García
La present tesi doctoral ha estat desenvolupada a la Unitat de Modelatge Molecular i Bioinformàtica del Parc Científic de Barcelona. Està ubicada en el context de la predicció i qualitat estructurals, i essencialment es divideix en dos blocs: i) Identificació de zones de bona qualitat en prediccions de novo i posterior ús d´aquestes per a la millora de la qualitat, i ii) estudi de parts funcionals de les proteïnes i efecte sobre aquestes de les mutacions puntuals i el modelat per homologia.Més concretament, el primer bloc es pot dividir en tres parts, que confeccionarien el que es pot considerar com un protocol de refinat de prediccions de novo:1. Identificació de la família estructural d´un conjunt de prediccions de novo emprant xarxes neuronals i mètodes de comparació estructural (Capítol 3).2. Comparació de les prediccions de novo amb proteïnes homòlogues, i posterior extracció de les parts de millor qualitat (Capítol 4).3. Ús d´aquestes parts de millor qualitat per refinar les prediccions inicials, emprant mètodes de modelat per homologia estàndards (Capítol 5).Pel que fa al segon bloc, tal i com s´ha comentat, es centra en l´anàlisi d´elements funcionals de les proteïnes; més concretament es centra en l´estudi de les cavitats, ja que solen estar vinculades a centres actius, centres d´unió a altres proteïnes, centres de regulació, etc. S´han abordat dos punts:1. Alteració de les cavitats del lisozim a nivell geomètric i composicional per efecte de mutacions puntuals (Capítol 6).2. Conservació del patró de cavitats en els models per homologia, a mesura que la qualitat d´aquests disminueix (Capítol 7).
